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STRINGdb跳过版本检查

约 424 个字 预计阅读时间 1 分钟

起因

近期STRINGdb总是频繁&莫名报错,尝试过多个版本的包,依然会有相同的报错,该错误主要是:连接不上STRING数据服务器,浏览器打开报错信息给定的url确实打不开,确实是服务器有问题,可能在维护或者更新;但突然想到自己使用的数据库是本地的,很不解为什么还需要连接数据库,下载STRINGdb的源码进行检查收发现,在rstring.R中需要连接STRING数据库,获取目前STRING数据库目前支持的最新版本信息。

如何跳过版本检查

既然找到了相关报错原因和报错源码,那么直接修改调试,经过自己的测试,rstring.R需要修改,修改思路很多,个人认为可以有如下思路:

既然各种在线的url经常访问不了,那么在可以访问的时候将相关的url进行保存下来,放到自己可以读写的媒介上(例如:本地或者国内的云上),当然也可以才源码内直接给出url页面的数据(我的修改方式,详见以下示例代码),然后替换rstring.R中的相关连接

示例代码

自己经过测试修改了rstring.R脚本(STRINGd版本:version 2.14.0),的确可以有效改善版本检查错误,但不保证100%有效和普适,没有测试过其他版本,当然可能自己的逻辑本身就很混乱,希望后期新版本的STRINGdb可以优化,修改的代码详见有#xf注释的地方。

rstring.R